能够管理世界的FRACTAL系统完成后，人类史上第一次走进入了不需要工作就能生活下去的乐园。那之后过了千年——系统虽然仍在运作，却已经没有人能够准确解析那个系统了。居住在世界上的大多数人类，都坚信只有维持该系统运作才是人类能够幸福的条件。就在这个时候，位于大陆角落某个小岛FRACTAL系统开始了崩坏——于是，故事拉开了帷幕——每天维持着淡泊生活的少年克雷恩，某一天救下了因被人追逐而倒在了悬崖下的少女芙琉。与少女的相遇让克雷恩的心也起了波动。可是，芙琉却消失了身影，只留下了一个胸针。在那枚胸针里，封印了一只跟芙琉长得一模一样的虚拟人物——奈莎。与奈莎一同踏上了寻找芙琉的旅程的克雷恩。最终，他发现了“FRACTAL系统”的秘密。