西曆2205年，企图改变历史的“历史修正主义者们”开始攻击过去的时代。时之政府为了阻止他们，将众多“审神者”派驻到各个时代去保护历史。审神者是能唤醒物品中沉睡意念的人，他的力量让在刀剑之中的付丧神“刀剑男士”诞生，他们与审神者一同投身于守护历史之战。本丸现在增加了许多伙伴，某一天，刀剑男士们出阵至永禄八年的永禄之变，在那个战国乱世，室町幕府第十三代征夷大将军足利义辉，即将死在三好义重、松永久通等人的手下。然而，刀剑男士们守护历史的战役，日渐激化，不见尾声，一出阵再出阵，看不到尽头的征战。虽然本丸的伙伴增加了不少，刀剑男士们却渐渐显露出疲态。山姥切国广在某次出阵时，接触到“身分不明的敌人”，对方出现在所有不同的时代，彷彿是在累积经验值，企图锻鍊出得以和刀剑男士抗衡的战力，“我……不会让义辉大人……死掉的……”。