地球人的殖民星——索罗星（ソロ星）上，存在着被地球人称为第六文明人的外星人遗留的遗迹。当地球人正在对遗迹进行调查时候，外星人巴夫克兰（バッフ‧クラン）人为了探查传说中的无限能量伊迪（イデ）之力而来到他们称为洛过达（ロゴ‧ダウ）的索罗星。出于对外星人的恐惧，巴夫克兰人不分青红皂白的便向地球人开了火，主人公科斯莫（ユウキ‧コスモ）等索罗星殖民者们为保卫自己的生命，驾驶第六文明人遗留的巨大机器人伊迪安（イデオン）同巴夫克兰人战斗。随后，乘坐另一遗迹——宇宙船索罗船（ソロシップ）开始了他们那看不见尽头般充满悲伤的逃亡生活……